လူထုအချက်အလက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း

SARS-CoV-2 မျိုးရိုးရှိအချက်အလက်များနှင့်ချီလီမှရရှိနိုင်သောအတန်းများမှနမူနာယူသည့်နေ့စွဲကို Consorcio Genomas CoV2 site မှရရှိသည်။ https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-globalမရ။ ကာကွယ်ဆေးထိုးခြင်းဆိုင်ရာအချက်အလက်များမှာသိပ္ပံ၊ နည်းပညာ၊ ဗဟုသုတနှင့်တီထွင်ဆန်းသစ်မှု ၀ န်ကြီးဌာနထံမှလူထုရရှိသောအချက်အလက်များဖြစ်သည် https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (ကုန်ပစ္စည်း ၈၃) ။

ကူးစက်မှုစစ်ဆေးခြင်း

ကျွန်ုပ်တို့ယခင်ကဖော်ပြခဲ့သည့်အတိုင်းကွဲပြားသော SARS-CoV-2 spike ပရိုတိန်းများကိုသယ်ဆောင်သော pseudotyped virus များကိုပြင်ဆင်ခဲ့သည်¹²မရ။ အတိုချုပ်ဆိုရလျှင် HIV-1-based SARS-CoV-2 pseudotypes ကို HEK293T cells များတွင် pNL4.3-nEnv-Luc နှင့်သက်ဆိုင်သော pCDNA-SARS-CoV-2 Spike coding vector ကို 1: 1 molar ratio ဖြင့်ကူးစက်စေခဲ့သည်။ Plasmids သည် endoplasmic reticulum တွင်ထိန်းထားရန်သိထားသော C-terminal end (SΔ19) ၏နောက်ဆုံးအမိုင်နိုအက်ဆစ် ၁၉ ကိုချို့တဲ့စေသော codon-optimized spike ကိုရေးသည်။¹² မျိုးရိုးဗီဇပေါင်းစပ်ခြင်း (သို့) စိတ်ကြိုက် site-direct mutagenesis (GeneScript) တို့ဖြင့်အောက်ပါပြောင်းလဲမှုများပါ ၀ င်သည်။ မျိုးရိုး A (ရည်ညွှန်းချက်) D614G, P1.1.7H, T69I, S70A, D144H), မျိုးရိုး P.501 (L570F, T614N, P681S, D716Y, R982S, K1118T, E1K, N18Y, D20G, H26Y, T138I) နှင့်မျိုးရိုး C.190 (G417V, T484I, 501, L614Q, F655S, D1027G, T37N) pseudotype ပြင်ဆင်မှုတစ်ခုချင်းစီကိုအခန်းအပူချိန်တွင် ၃၀၀၀ rpm ဖြင့် centrifugation ဖြင့်ရှင်းလင်းခဲ့ပြီး HIV-75 Gag p76 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems) ကို ၅၀% သန္ဓေသားလောင်း bovine serum (Sigma-Aldrich) တွင် ၅၀ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်အထိသိုလှောင်သည်။ အသုံးပြု။ မတူညီသော pseudotyped virus များ (HIV-246 p252 protein ၏အဆင့်များအရ) ကို HEK-ACE452 ဆဲလ်များသို့ကူးစက်ရန်သုံးပြီး ၄၈ နာရီအကြာတွင်ပိုးစုန်းကြူး luciferase လုပ်ဆောင်ချက်ကို Glomax 490 Microplate ၌ Luciferase Assay Reagent (Promega) ကို သုံး၍ တိုင်းတာသည်။ luminometer (Promega) ။

ကြားနေဓာတ်ခွဲစမ်းသပ်မှု

Pseudotyped virus neutralization ကိုစစ်ဆေးခြင်းသည်ကျွန်ုပ်တို့ယခင်ကဖော်ပြခဲ့သည့်အတိုင်းမရှိမဖြစ်လိုအပ်သည်¹²မရ။ အတိုချုပ်အားဖြင့်ပလာစမာနမူနာများ (၁: ၄ မှ ၁: ၈၇၄၈) ကို DMEM တွင်သန္ဓေသား bovine serum ၁၀% ဖြင့်ပြင်ဆင်ပြီး ၃ နာရီတွင် ၃၇ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်တွင် ၁ ဒီဂရီစင်တီဂရိတ်တွင်ထည့်သွင်းသည်။⁴ ရေတွင်းတစ်ခုစီ၌ HEK-ACE2 ဆဲလ်များကိုပေါင်းထည့်ခဲ့သည်။ HEK293T ဆဲလ်များ (pseudotyped virus) (pseudotyped virus) (မျိုးရိုး A) နှင့်အတူမွေးမြူထားသော ACE2 ကိုမဖော်ပြသောအပျက်သဘောထိန်းချုပ်မှုအဖြစ်အသုံးပြုခဲ့သည်။ ၄၈ နာရီအကြာတွင်ဆဲလ်များကို lysed လုပ်ပြီးပိုးစုန်းကြူး luciferase လုပ်ဆောင်ချက်ကို Glomax 48 Microplate luminometer (Promega) တွင် Luciferase Assay Reagent (Promega) ကို သုံး၍ တိုင်းတာသည်။ dilution တစ်ခုအတွက် neutralization ရာခိုင်နှုန်းကိုတွက်ချက်ခဲ့ပြီးနမူနာတစ်ခုစီ၏ ID96 ကို GraphPad Prism version 50 ကို သုံး၍ တွက်ချက်ခဲ့သည်။

စာရင်းအင်းဆန်းစစ်ခြင်းများပြုလုပ်ထားခြင်း

စာရင်းအင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို GraphPad Prism software version 9.1.2 ကို သုံး၍ လုပ်ဆောင်ခဲ့သည်။ SARS-CoV-2 pseudotyped virus များနှင့် NAbs တုံ့ပြန်မှုများနှိုင်းယှဉ်ခြင်းနှင့်လိင်နှင့်မီးခိုးငွေ့အခြေအနေတို့အကြားနှိုင်းယှဉ်မှုများကိုတွဲချိတ်ထားသော Wilcoxon လက်မှတ်ထိုးအဆင့်အဆင့်စမ်းသပ်မှုတစ်ခုပြုလုပ်ခဲ့သည်။ ID ၌ဂျီ ometric မေတြီပျမ်းမျှ titer ၏ခြားနားချက်ကိုတွက်ချက်ပြီးအချက်ပြောင်းသည်₅₀ Wild pseudotyped virus အမျိုးအစားနှင့်နှိုင်းယှဉ်ပါ။ NAbTs နှင့်အသက် (သို့) BMI အကြားဆက်စပ်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကို Spearman ၏စမ်းသပ်မှုကိုအသုံးပြုခဲ့သည်။ ကူးစက်နည်းစာရင်းအင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် One-way ANOVA နှင့် Tukey ၏နှိုင်းယှဉ်စမ်းသပ်မှုကိုပြုလုပ်ခဲ့သည်။ p တန်ဖိုး≤0.05ကိုစာရင်းအင်းအရအရေးပါသည်ဟုယူဆခဲ့သည်။

ကျင့်ဝတ်ဆိုင်ရာခွင့်ပြုချက်

လေ့လာမှုပရိုတိုကောလ်ကို Universidad de Chile ရှိဆေးပညာတက္ကသိုလ်၏ကျင့်ဝတ်ကော်မတီ (Projects N ° 0361-2021 and N ° 096-2020) နှင့်Clínica Santa Maria (Project N ° 132604-21) တို့ကအတည်ပြုခဲ့သည် အလှူရှင်များအားလုံးသည်အသိပေးသဘောတူညီချက်ကိုလက်မှတ်ထိုးခဲ့ပြီး၎င်းတို့၏နမူနာများကိုအမည်မဖော်လိုပါ။

Lambda မူကွဲတွင် spike mutations များ၏ကူးစက်မှုနှင့် antibodies တုံ့ပြန်မှုများကို neutralizing ဖြစ်စေသည်

ဇွန်လ ၂၄ တွင် GISAID တွင်အပ်နှံထားသောချီလီမှ ၃၆၉၅ ဆင့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း^th ၂၀၂၁ ခုနှစ်နောက်ဆုံးသုံးလပတ်စာရင်းများအရ SARS-CoV-2021 မျိုးကွဲ Gamma နှင့် Lambda တို့၏ထင်ရှားသောလွှမ်းမိုးမှုသည်အစီအစဉ်အားလုံး၏ ၇၉% အတွက်ဖြစ်သည်။

စိတ်ဝင်စားစရာမှာဤကာလသည်ရည်မှန်းထားသောလူ ဦး ရေ၏ (၆၅.၆%) (အသက် ၁၈ နှစ်နှင့်အထက်ပုဂ္ဂိုလ်များ) အားဇွန်လ ၂၇ ရက်၌ကာကွယ်ဆေးအပြည့်အစုံထိုးပေးခဲ့သည်။^th 2021

ပြီးပြည့်စုံသောစီမံချက်ဖြင့်ကာကွယ်သောလူ ၇၈.၂% သည် Sinovac Biotech မှဗိုင်းရပ်စ်ပိုး CoronaVac ကိုလက်ခံရရှိထားသောကြောင့်ဤကာကွယ်ဆေးမှ Lambda မူကွဲတွင်ပါ ၀ င်သောပြောင်းလဲမှုများ၏အကျိုးသက်ရောက်မှုကိုစုံစမ်းရန်ကျွန်ုပ်တို့ရှာဖွေခဲ့သည်။

ဤအတွက်ကျွန်ုပ်တို့သည် Wuhan-1 ရည်ညွှန်းမျိုးရိုး (Wild type; lineage A)၊ D2G mutation (lineage B) နှင့် Alpha (lineage B) တို့မှ spike protein ကိုသယ်ဆောင်သော HIV ဗိုင်းရပ်စ်များကိုငါတို့ဖန်တီးခဲ့သည်။ .1), Gamma (lineage P.614) နှင့် Lambda (lineage C.1.1.7) မူကွဲများ

ဗိုင်းရပ်စ်ပြင်ဆင်စဉ်ကာလအတွင်း Lambda spike ကိုသယ်ဆောင်သော pseudotyped virus ဗိုင်းရပ်စ်ကူးစက်ခံရသောဆဲလ်များသည် Lambda spike ပရိုတိန်းမှကူးစက်မှုကိုညွှန်ပြသောအခါ bioluminescence တန်ဖိုးများသိသိသာသာမြင့်မားလာသည်ကိုကျွန်ုပ်တို့အမြဲတစေသတိပြုမိသည်။

ပုံ 1 ။ကူးစက်မှုကိုမတူညီသောဆူးပရိုတိန်းများဖြင့်ဖြန်ဖြေသည်။

(က) SARS-CoV-2 spike protein နှင့်ဤလေ့လာမှုတွင်အသုံးပြုသောမူကွဲများ။ မျိုးရိုးများကိုကွင်းစကွင်းပိတ်တွင်ဖော်ပြသည်။ RBD, လက်ခံသူ-စည်းနှောင်ထားသော domain, CM; cytoplasmic အမြီး။

(ခ) HIV-1 p24 ပမာဏညီမျှသောမျိုးရိုးတစ်ခုစီ၏ pseudotypes အမျိုးအစားခွဲခြားမှု။ ပိုးစုန်းကြူး luciferase လုပ်ဆောင်ချက်ကိုပိုးကူးစက်ပြီးနောက် ၄၈ နာရီတွင်ဆွေမျိုးဖြာထွက်မှုယူနစ် (RLU) အဖြစ်တိုင်းတာသည်။ ပျမ်းမျှနှင့် SD ကိုကိုယ်စားပြုသုံးကြိမ်စမ်းသပ်မှုမှတွက်ချက်ခဲ့သည်။

ဆက်လက်၍ ချီလီနိုင်ငံ၊ Santiago၊ Universidad de Chile နှင့်Clínica Santa Maríaမှကျန်းမာသောကျန်းမာရေးစောင့်ရှောက်မှုများမှပလာစမာနမူနာ ၇၉ ခုကို သုံး၍ အထက်တွင်ဖော်ပြထားသော pseudotyped virus များကိုကျွန်ုပ်တို့သုံးခဲ့သည်။

ID4 titer တစ်ခုတွက်မရသောကြောင့်နမူနာ ၄ ခုကိုဖယ်ထုတ်လိုက်သည်။ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာထားသောနမူနာများမှ ၇၃% သည်အမျိုးသမီးများ၊ ပျမ်းမျှအသက် ၃၄ နှစ် (IQR ၂၉ - ၄၃) နှင့်ခန္ဓာကိုယ်အညွှန်းကိန်း (BMI) ၂၅ (IQR 50 - 73) တို့ဖြစ်သည်။ ကာကွယ်ဆေးထိုးကာလကြာရှည်နေစဉ်တက်ကြွလှုပ်ရှားသူ ၂၀.၅% သည်တက်ကြွသောဆေးလိပ်သောက်သူများဖြစ်ကြောင်းကြေငြာခဲ့သည်။ CoronaVac ကာကွယ်ဆေးဒုတိယအကြိမ်ထိုးပြီးနောက် ၉၅ ရက် (IQR 34 - 29) အတွင်းနမူနာများရခဲ့သည်။

Wild type spike protein ပါ ၀ င်သော pseudotyped virus ကို neutralization လုပ်ခြင်းသည် ၅၀% inhibitory dilution (ID) ကိုဖြစ်ပေါ်စေသည်။₅₀၁၅၁.၉၂ (၁၁၅.၆၈ - ၁၉၂.၁၆၊ ၉၅% CI)၊ ၁၂၄.၇၃ (၈၆.၂ - ၁၆၃.၂၊ ၉၅% CI)၊ ၁၀၄.၅၇ (၇၅.၀၂ - ၁၃၄.၁၁၊ ၉၅% CI) ) နှင့် 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI) သည် D153.92G mutant (သို့) Alpha, Gamma နှင့် Lambda မျိုးကွဲများမှအသားဓာတ်ကိုသယ်ဆောင်သော pseudotyped virus များအတွက်

ID ၏ဂျီ ometric မေတြီ၏ပျမ်းမျှ titer ကိုကျွန်ုပ်တို့သတိပြုမိသည်₅₀ Lambda spike ကိုသယ်ဆောင်သော pseudotyped virus အတွက် 3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) အချက်များကျဆင်းသွားသည်၊ Gamma spike အတွက် 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) Wild spike နှင့်နှိုင်းယှဉ်လျှင် D2.03G spike အတွက် Alpha spike နှင့် 1.71 (2.41 - 95, 1.37% CI) အတွက် D1.20G spike အတွက်

လိင်မှုကိစ္စ၊ အသက်အရွယ်၊ ခန္ဓာကိုယ်ထုထည်ညွှန်းကိန်း (BMI) (သို့) ဆေးလိပ်ငွေ့အခြေအနေနှင့်ဓါတ်တိုးဆန့်ကျင်သောပဋိပစ္စည်းများပါ ၀ င်မှုတို့ကိုကျွန်ုပ်တို့လေ့လာမှုတွင်တွေ့ရှိခဲ့သည်။

ပုံ 2 ။CoronaVac ကာကွယ်ဆေးများမှပလာစမာနမူနာများ သုံး၍ Neutralization ကိုစစ်ဆေးသည်

(က) အပြန်အလှန် ၅၀% neutralization titer (ID) တွင်အပြောင်းအလဲများ₅₀D75G (lineage B), Alpha (lineage B.614) ကိုဆန့်ကျင်သော CoronaVac ကာကွယ်ဆေးလက်ခံသူ ၇၅ ထံမှ plasma plasma နမူနာများ

ရိုင်းအမျိုးအစားဗိုင်းရပ်စ်နှင့်နှိုင်းယှဉ်လျှင် Gamma (lineage P.1) နှင့် Lambda (lineage C.37) မျိုးကွဲများ ရလဒ်များကိုလိုက်ဖက်သောနမူနာများ၏ neutralization titers တွင်ခြားနားချက်အဖြစ်ပြထားသည်။ ID နှိုင်းယှဉ်မှုအတွက် P တန်ဖိုးများ₅₀ Wilcoxon လက်မှတ်ထိုးအဆင့်အတန်းဖြင့်တွက်ချက်သည်။

(ခ) အကွက်ကွက်များသည် ID ၏ပျမ်းမျှနှင့်ကြားကာလအပိုင်းအခြား (IQR) ကိုညွှန်ပြသည်₅₀ pseudotyped virus တစ်ခုစီအတွက် ID ၌ဂျီ ometric မေတြီပျမ်းမျှ titer ၏ခြားနားချက်ကိုပြထားသည်₅₀ Wild pseudotyped virus အမျိုးအစားများနှင့်နှိုင်းယှဉ်ပါ။ စာရင်းအင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကို Wilcoxon လိုက်ဖက်သောအတွဲလက်မှတ်ထိုးအဆင့်အတန်းကို သုံး၍ လုပ်ဆောင်ခဲ့သည်။

ချီလီနှင့်တောင်အမေရိကနိုင်ငံများ၌ပျံ့နှံ့နေသော Lambda ၏စိတ်ဝင်စားမှုမြင့်တက်လာသောပရိုတိန်းပရိုတိန်းဓာတ်သည် CoronaVac မှကူးပြောင်းလာသော neutralizing antibodies များအားဖယ်ထုတ်နိုင်စွမ်းကိုပေါင်းစပ်ပေးသည်ဟုကျွန်ုပ်တို့၏အချက်အလက်များကဖော်ပြသည်။